Osnovan je 1992. godine od strane svećenika u Srijemu kada je to područje bilo dio Đakovačko Srijemske biskupije. 1999. godine otvorena je kancelarija u Petrovaradinu. Ponovnom uspostavom Srijemske biskupije 2008. godine preregistriran je u Biskupijski Caritas Srijem. Član je Caritasa Srbije, a preko njega i član Caritasa Europe i Caritasa Internacionalis.
Zbog povijesne povezanosti, Caritas Srijem gaji posebne veze sa Đakovačko – Osječkom nadbiskupijom i njihovim Caritasom kao i mnogim drugim u Republici Hrvatskoj.
2001. godine uspostvaljen je partnerski odnos sa Caritasom biskupije Bolzano – Bressanone / Bozen – Brixen iz Italije koji na različite načine traje i danas. Suradnja je započela radom sa starima u vidu kućne njege, pomoći poljoprivrednicima kroz program Sjeme nade ( Semi di speranza ) i radom sa mladima. Tokom godina suradnja se proširila i na mnoge druge aktivnosti.
Samostalno i sa partnerima, ostvareni su programi pomoći rada mnogih institucija kao što su centri za socijalni rad, bolnice, dječje ustanove… Ostvareno je i učešće u projektu „Promatranje siromaštva i resursa na teritoriji Srbije“ koji je inicirao Caritas Europe.
Caritas se, također, bavi i prikupljanjem i podjelom humanitarne pomoći u kriznim situacijama.
Od početka svog rada, vodeći se osnovnim načelom kršćanske vjere, ljubavi prema bližnjem, kao i time da je svaki čovjek neizmerna vrijednost, aktivnosti Caritasa Srijem usmjerene su prema svima koji su u potrebi bez obzira na vjeroispovest i nacionalnost.